| SIBデータベース |
| 研究者は、絶えず増加するデータベースに精度と最新さを同時に要求します。このような要望に対し、GeneBioは1998年以来、最も包括的かつ詳細なアノテーションを記載したプロテオミクス関連のデータベースを市場に提供しています： Swiss-Prot、PROSITEそしてSWISS-2DPAGEです。 これらの最先端のデータベースは研究の向上に必須な高度な情報を提供します。 |
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Swiss-Prot
Swiss-Protは単なるタンパク質配列データベースではありません。 これは様々なプロテオミクス研究に関するデータが高度にリンクされた知識情報リソースです。 中核となる配列のデータ、参考文献および生物分類情報に加えて、全てのエントリーには、実際に専門家の手で書き加えられた詳細なアノテーション（記載情報：例を挙げると、タンパク質の機能、構造、バリアント、PTM（翻訳後修飾）、組織特異性やその他のfeature情報）が含まれています。 Swiss-Protは、データベースの冗長性を排除するために、類縁データの統合化とバリアントなどの記載情報への記載、さらに参照情報のリンク化の徹底を図っています。 |
| 註：Swiss-Protは、米国NIH(National Institute of Health)の財務支援を受け、統合タンパク質データベース（UniProt）に統合されました。これにより、2005年1月1日以降、Swiss-Protの使用料金の課金は廃止されました。 |
PROSITE
PROSITEはタンパク質ファミリーとドメインに関するデータベースです。 膨大な量のタンパク質データベースは、各々の持つ配列構造の相同性を用いて限られた数のファミリーに分類することができることが経験から分かっています。 これらのファミリーに含まれるタンパク質配列には、その起源から保存されている様々な、共通部分（ドメイン）が存在します。
PROSITEは1,000以上のタンパク質ファミリーとドメインを定義する配列パーターンから構成されています。 この情報を中核にして、さらに必要であるタンパク質の構造と機能に関する情報と参考文献一覧が記載されています。 |
SWISS-2DPAGE
SWISS-2DPAGEはジュネーブ大学病院のBiomedical Proteomics Research Group(BPRG)とスイス生命情報研究所(SIB)によって1993年に製作され、アップデートをされている、アノテーション付きの二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動(2D-PAGE)とSDS-PAGEのデータベースです。
データの内容は、2D-PAGEのイメージ図に、実験的に得られたタンパク質のスポット位置、およびタンパク質配列から計算された理論上のスポット位置を記載してあります。 また、各タンパク質の詳細情報(マッピングの手法、生理学的/病理学的な情報、各種実験データ、文献情報等)をMedlineや他の2次元電気泳動関連の公開データベースやSwiss-Protのクロスリファレンス情報として記載してあります。 |
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| GeneBioでは、これらのデータベースへのアクセスに際して、SIBによって運用メンテナンスされている” ExPASy サイト”か、この公式ミラーサイトを利用することをお勧めします。
ExPASyサイトから、PROSITEとSWISS-2DPAGEなどのデータベースの、最新アップデートと公式リリースをダウンロードすることができます。 また、ExPASyサイトでは、各種の最先端のプロテオミクス関連のソフトウェアやツール群を提供しています。 ExPASyサーバには、ここからアクセスできます（link）。 |
| PROSITEとSWISS-2DPAGEはスイス生命情報研究所（SIB）が開発を行い、版権を所持しています。 営利団体または目的でこれらのデータベースにアクセスする場合は、User Notice (PDF)とSIB License (PDF)に記載された認可が必要になります。 さらに詳細については最寄りのGeneBioお客様窓口に連絡してください。 ライセンスの内容については SIB Database Legal Disclaimerをご覧ください。 |
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| ProXenter |
| 一般にライフサイエンス産業は、中でもプロテオミクス研究を行う場合は、膨大な量のデータが発生し、これを蓄積すると共に関連する、同様に膨大な量のデータベースを取り込んでインハウスで利用する必要性が発生します。 この情報の氾濫による問題を解決し、より高度で使い易い情報を手に入れるための手段を開発することは新たなる挑戦です。 |
| GeneBioは、私たちは、高い品質の製品を提供するためのモットーとして、“データの蓄積”ではなく、“情報の統合”を常に考え努力しています。 私たちは、さまざまな情報を正しく統合化するための方法の開発を目指しています。これにより、研究者はバラバラで異質に見える情報の断片から、正しい生命情報の知見を導き出すことができると信じているからです。 |
| この思想の実現の一環として、研究者が日々直面している情報過多の問題を打破することができる革新的な製品ProXenterを開発しました。 ProXenterはライフサイエンス一般の業務にとどまらず、特に製薬企業や創薬を試みる企業の高いレベルのタンパク質研究に従事するグループの利用を考慮して設計されています。 |
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タンパク質研究を行うグループの方々のために、ProXenterは、速やかに煩雑で膨大なタンパク質関連の情報を統合して、必要なデータをトレースして入手するためのツールと、データを分析するツールを提供します。 そして、様々な蓄積された知見に助けられながら、研究を推進するためのデシジョンを下すプロセスを協力に支援します。 | |
| 2005年3月に、GeneBioと Current Science Groupは合弁会社、Current BioDataの設立を発表しました。(Current BioDataはProXenterのさらなる開発、広報、および販売を目的に活動します)。 |
